Hiddensee ist seit 1990 Teil des Nationalparks Vorpommersche Boddenlandschaft. Nationalparks sind große Gebiete mit besonders wertvoller, unberührter Natur, die größtenteils frei von menschlichem Einfluss sind. Hier hat die Natur die Möglichkeit, sich frei zu entfalten und nach ihren eigenen Regeln zu entwickeln. Die Neulandbildungen am Gellen und am neuen Bessin sind Kernzonen des Nationalparks und gehören zu den wenigen natürlichen Gebieten in Deutschland. Um brütende und rastende gefährdete Vogelarten nicht zu stören, ist das Betreten dieser Gebiete untersagt. Gerne können Sie die Tiere aus der Ferne beobachten, da jede Störung für sie Kraftverlust bedeutet und sie in der Nahrungsaufnahme beeinträchtigt. Außerdem kann es bei vielen Vogelarten zum Verlust von Brut führen.
Die Küstendünen sind ein wichtiger Schutz für Hiddensee vor Sturmfluten und Hochwasser. Aus diesem Grund ist es strengstens verboten, die Küstendünen zu betreten oder Fahrräder dort abzustellen. Bitte benutzen Sie nur die ausgewiesenen Wege und Fahrradständer.
Die Steilküste im Norden der Insel erhebt sich als beeindruckendes Kliff auf eine Höhe von etwa 60 Metern und erstreckt sich über eine Länge von etwa 4 Kilometern. Die natürlichen Spaltenbildungen, Uferabbrüche und Höhlenformen, die durch küstendynamische Prozesse entstehen, erfordern eine aufmerksame Beachtung. Besucher sollten daher vorsichtig sein und die Sicherheitshinweise beachten.
Bei einem Spaziergang entlang der Steilküste ist es wichtig, die Dynamik der Küste im Auge zu behalten. Entlang des Geröllstrandes lassen sich viele Versteinerungen, Hühnergötter und besondere Schwemmhölzer entdecken. Oberhalb der Kliffkante lohnt sich ein Spaziergang entlang des Hochuferweges, der zahlreiche Ausblicke auf die Ostsee bietet. Der südwestliche Teil des Steilufers ist durch einen etwa 440 Meter langen begehbaren Steinwall vor Küstenabtragungsprozessen geschützt. Zudem sind zwei Treppen im Abstand von etwa 3 Kilometern vorhanden, eine am Ortsrand von Kloster in der Nähe des Heimatmuseums und die andere im Dornbuschwald direkt beim Gasthaus „Zum Klausner“.
Die Gewässer zwischen Rügen und Hiddensee zählen zu den Boddengewässern. Boddengewässer sind Meeresbuchten, die durch Inseln oder Halbinseln mehr oder weniger stark von der offenen Ostsee abgegrenzt sind. Diese Gewässer weisen eine maximale Wassertiefe von 5 Metern auf und sind daher relativ flach. Aufgrund von Süßwasserzuflüssen vom Land und geringem Salzwassernachschub aus der offenen Ostsee ist das Salzwasser in den Bodden meist etwas „verdünnt“.
Die Dünenheide auf Hiddensee zählt zu den letzten großen Küstendünenheiden an der deutschen Ostseeküste. Sie erstreckt sich über ca. 120 Hektar zwischen den Orten Vitte und Neuendorf. Zahlreiche kleine Sandwege durchziehen die einzigartige Heidelandschaft, deren Blütezeit im August liegt. Als Kulturlandschaft ist die Heide durch mangelnde Bewirtschaftung gefährdet und kann nur durch aufwendige Pflegemaßnahmen erhalten werden.
Auf der Insel Hiddensee sind drei Arten von Schlangen heimisch: die Ringelnatter, die Schlingnatter und die Kreuzotter. Letztere bevorzugen das Heidegebiet und die Dünen als Lebensraum. Bissunfälle sind äußerst selten, treten jedoch meist durch Unachtsamkeit und Leichtsinn auf. Ein Biss der Kreuzotter kann für Personen mit geschwächtem Kreislauf gefährlich sein. Daher ist es ratsam, sich auf schmalen Pfaden in der Heidelandschaft aufmerksam zu bewegen, festes Schuhwerk und lange Hosen zu tragen. Vermeiden Sie es unbedingt, die Tiere zu berühren oder zu reizen. Sollte es dennoch zu einem Biss kommen, bewahren Sie Ruhe und alarmieren Sie sofort den Notarzt unter der Telefonnummer 112.